Krahas veprimtarisë shëndetësore, Instituti merret edhe me veprimtari edukative dhe kërkimore-shkencore në fushën e mjekësisë nukleare, fizikës mjekësore, radiofarmacisë, radiokimisë dhe radiologjisë. Instituti është bazë mësimore-shkencore e Universitetit “Shën Kirili dhe Metodiu” në Shkup dhe bashkëpunon me Universitetin “Goce Dellçevi” në Shtip. Krahas bashkëpunimit me universitetet në vend, IU/TEP bashkëpunon me universitete jashtë vendit dhe është i përfshirë në projekte të Agjencisë Ndërkombëtare të Energjisë Atomike.
